상단 메뉴의 Analysis - Docking Simulation를 클릭하여 이동합니다.

File Upload

File Upload
  1. Receptor는 target 단백질로 하나의 파일을 (pdb, pdbqt, mol2) 업로드할 수 있습니다.
  2. Ligand에는 csv, pdb, pdbqt, mol2 파일을 업로드할 수 있습니다.
    • csv의 경우 ligand list를 포함한 하나의 csv를 업로드 합니다.
    • 나머지 파일의 경우 여러개의 파일을 업로드할 수 있습니다.

Select Pocket & Optional Parameters

Select Pocket & Optional Parameters
  1. Select Pocket에서 Auto를 선택할 경우 자동으로 pocket의 위치와 크기를 계산합니다. Custom의 경우 3차원 pocket의 중심과 각 변의 길이를 입력합니다.
  2. Optional Parameters에서 사용할 cpu의 개수를 설정합니다.

Submit 버튼을 눌러 실행합니다. 해당 작업은 Cloud Running으로만 실행 가능합니다.

결과 화면

Job Monitoring에서 제출한 작업을 확인합니다.

결과 화면 (1)

실행된 시뮬레이션에 대해서 가장 좋은 점수를 기록한 ligand 순서로 정렬하여 결과를 보여줍니다.

실행 결과에 대한 결과를 csv로 다운로드 받을 수 있습니다.

결과 화면 (2)

ligand 그림을 클릭하면 3D 뷰와 구체적인 시뮬레이션 결과를 확인할 수 있습니다.

Tags: