상단 메뉴의 Analysis - AI based Virtual Screening을 클릭하여 이동합니다.
Target 단백질과 ligand list를 입력하여 원하는 약물을 screening 가능합니다.
각 단계별로 ON / OFF 기능을 통해서 필요한 단계만 선택하여 실행할 수 있습니다.
해당 작업은 Cloud Running과 Interactive Running 중 선택하여 실행을 할 수 있습니다. (Introduction - About - How to Use 참고)
File Upload
Smiles List File: Screening 하고자 하는 ligand를 담은 csv 파일을 업로드합니다. Ligand는 Smiles 형태이어야 합니다.PDB File: Target 단백질에 해당하는 pdb 파일을 업로드합니다.FASTA File: Target 단백질에 해당하는 fasta 파일을 업로드합니다.
Pre Processing
AlogP, Molecular Weight, HBA, HBD, PSA, Rotatable Bonds, Aromatic Rings, Heavy Atoms 8개의 항목에 대해서 값의 범위를 설정하여 업로드한 ligand list를 1차 필터링합니다.
Virtual Screening
단백질과 ligand에 대해서 인공지능 모델 기반의 Drug-Target Interaction을 수행합니다.
Screened Compound 개수를 설정하여 예측 값이 높은 ligand들을 우선적으로 필터링합니다.
Post Processing
최종적으로 필터링된 ligand에 대해서 인공지능 기반의 ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity) 분석을 통해 유효성을 검사합니다.
단계 선택 후 Submit 버튼을 눌러 실행합니다.
결과 화면
각 단계별로 입력 및 출력 개수를 확인할 수 있으며 csv 파일로 다운로드 받을 수 있습니다.
Virtual Screening의 경우 입력된 ligand에 대한 drug-target interaction 예측 값의 분포를 확인할 수 있습니다.
Post Processing에서는 최종 결과물의 일부에 대해서 각 단계별 결과 값을 바로 확인할 수 있습니다.